Истоки реки находятся в нескольких километрах от побережья Чёрного моря на неизменности, среди болот, заросших камышом и осокой. В черте города Анапа река является естественной границей между территорией санаторно-курортных комплексов и частным сектором города. Устье реки пролегает через основной городской пляж Анапы.
Гидрологический режим реки соответствует средиземноморскому климатическому поясу – максимальный уровень воды достигается в результате зимних паводков, когда выпадает самое большое количество осадков в году.
Ихтиофауна реки Анапки довольно разнообразна, этому способствуют развитая береговая растительность, небольшая скорость течения реки и сравнительно небольшая глубина, что даёт возможность быстро прогреваться толще воды. К особенностям данной местности относится также невысокая солёность Анапской бухты из-за опреснения рекой, кроме нескольких недель летом, когда русло реки значительно пересыхает. Анапка отличается переменным течением. Зимой течет в море, а летом обратно в плавни, принося солёную воду.