Пойменный водоем в междуречье Кубани и Протоки. Площадь 9 кв. км, глубина до 2,4 м. Береговая линия изрезана слабо. Берега низкие и сильно заболочены.
Лиман соединен гирлами и искусственными каналами с окружающими водоемами – Долгим, Кочковатым, Лозоватым, Западным и другими лиманами.
С восточной стороны в Глубокий лиман впадает Варавинский канал, проведенный частично по Лебяжьему гирлу. Он подает пресную воду из Протоки. Когда лиман переполняется, часть воды уносится западным гирлом в Черный ерик.