Это самая длинная и многоводная река Азово-Кубанской низменности и вторая по длине река Краснодарского края. Ея зарождается у одного из отрогов Ставропольской возвышенности, в 5 км к югу от станицы Новопокровской. Она образуется от слияния двух небольших речек: Карасуна, протекающего по балке от станицы Ильинской, и Упорной, которая получает начало от ключей, выклинивающихся по балке. Вначале Ея течет в северо-западном направлении, но от станицы Кущевской меняет его на западно-северо-западное и впадает в соединяющийся с Азовским морем Ейский лиман ниже станицы Старощербиновской, проделав путь в 311 км. Река собирает воды с обширного водосборного бассейна площадью 8650 кв. км. По своей конфигурации бассейн Еи довольно симметричен. Она принимает притоки как справа, так и слева, при этом правобережных притоков больше. Наиболее крупными из правобережных притоков являются Куго-Ея и Кавалерка протяжением в 78 км.
Слева в Ею впадают: наиболее крупный приток ее река Сосыка, имеющая длину 159 км, небольшие речки Терновая, Веселая и другие.
Долина Еи симметрична с пологими берегами без заметно выраженных террас. Долина Еи в низовье сильно заболочена, а сама река образует целый ряд маленьких лиманов, заросших тростником, камышом, осокой и другими водолюбами. Берега долины невысокие. Общее падение и уклон Еи невелики, поэтому течение реки медленное. В низовьях река Ея петляет по долине, образует плесы и старицы.
Питается река в основном атмосферными осадками в виде дождя и снега и отчасти грунтовыми водами. Водный режим Еи непостоянен. Горизонты воды и расходы ее значительно колеблются по сезонам года. Течение в реке наблюдается весной, пока еще есть запас снеговой воды, и порой летом после дождей. В засушливое время года река местами пересыхает, разбиваясь на отдельные плесы. Очень малые уклоны реки в ее устьевой части способствуют нагону в нее солоноватой воды из Ейского лимана на расстояние до 8 км вверх по реке. Ея немноговодна.
Зимой, обычно в декабре, Ея замерзает, но продолжительность ледостава значительно колеблется в зависимости от особенностей температурного режима в разные годы. Часто ледохода не наблюдается, и лед тает на месте. В настоящее время река на значительном протяжении имеет вид цепочки прудов, так как Ея и ее притоки перегорожены множеством плотин. Образовавшиеся речные пруды используются населением для обводнения и рыбоводства. Долина Ей густо заселена.