Псекупс зарождается на северо-западном склоне горы Агой. Собирает в себя воды с площади в 1430 кв. км и, проделав путь в 146 км, впадает слева в реку Кубань (в Краснодарское водохранилище), против восточной окраины Краснодара.
Долина Псекупса в горной части бассейна довольно узка и покрыта густыми лесами. Течение реки – быстрое. Не доходя до города Горячего Ключа, в ряде мест долина реки расширяется, образуя поляны. Прорвавшись сквозь Волчьи ворота между куэстовыми хребтами Котх и Пшаф, Псекупс расширяет свою долину и уже плавно, неторопливо течет мимо невысоких, покрытых дубовым лесом и табачными плантациями холмов.
Псекупс принимает в себя многочисленные левобережные и правобережные притоки в виде небольших горных речек. Наиболее значительными его притоками являются pеки Чепси и Каверзе. Последняя интересна своими водопадами. Ложе этой реки во многих местах завалено большими валунами и стволами отмерших и свалившихся в реку деревьев. Эти труднопроходимые участки перемежаются свободными, гладкими каменными желобами и почти плоскими каменистыми, отполированными водой площадками, по которым мирно журчит небольшой поток. Они местами обрываются уступами, с которых низвергаются сверкающие струйки чистой, прозрачной воды. Целый каскад таких водопадов, высотой от 0,5 до 10 м имеется на реке Каверзе.
После ливневых дождей эта мирная речка бурно вздымается, и тогда с уступа на уступ с шумом несется бешеный поток мутной вспененной воды, перекатывая валуны и волоча стволы деревьев. Ряд небольших водопадов имеется и на притоках реки Каверзе.
Река Псекупс питается в основном атмосферными осадками и грунтовыми водами. Режим у нее паводочный. Уровни воды в реке и ее расходы сильно изменяются в течение года. Ледяной покров Псекупса неустойчив. В иные теплые годы ледостава вообще не бывает, но обычная средняя продолжительность его 1 – 2 месяца.
Вода реки Псекупса вблизи выходов в нее сернистых источников имеет на некотором протяжении характерный мутно-зеленый цвет и запах, вследствие обогащения ее сероводородом и выпадения серы. Исключительно живописны окрестности Горячего Ключа.