Кубань берет начало от слияния рек Уллукам и Учкулап, вытекающих из-под ледников, расположенных на склонах горы Эльбрус. Река является главной водной артерией края.
В верхнем течении река, прорезая поперечные хребты, прокладывает путь в каньонах и ущельях, суживающихся местами до 50 – 60 м.
Русло извилистое. Впадает в Темрюкский залив Азовского моря, образуя дельту. Речная система Кубани слагается из 14000 рек, а суммарная длина всех рек – 38325 км. Длина самой Кубани составляет 870 км, вместе с Уллукамом 941 км, из них более 700 км в пределах Краснодарского края и на протяжении 127 км составляет северную границу республики. Среднее падение на километр ее пути 315 см. Сток Кубани формируется за счет дождевого и снегового питания (65%), таяния высокогорных снегов и ледников (20%) и грунтовых вод (15%).
Вследствие специфических физико-географических условий бассейн Кубани характеризуется ярко выраженной левосторонней приточностью, имеет асимметричное строение. Все левобережные притоки Кубани берут начало со склонов Западного Кавказа.
Кубань – одно из множества ее названий (их около трёхсот). Современное название реки в течение времени видоизменялось: Къобхан – Кобан – Кубан – Губань – Кубань. Смысловое значение приведённых вариантов сохранялось, и означает (из карачаево-балкарского) "быстрый, бурливый, беспокойный, разливаю¬щийся". Предполагают, что название возникло от половецкого Куман, от древнетюркского означающего "река" или "поток". По другим данным название реки Кубань произошло от древнегреческого Гопанис (Гипанис) – "конская река", в смысле "буйная, сильная река".
Следует указать на одну из особенностей дельты реки Кубань. Ещё в I в. н. э. дельта реки терялась среди островов и проливов, которые существовали на месте Таманского полуострова. В те времена река несла воды как в Азовское так и в Черное моря. Затем острова соединились под действием внутренних и внешних сил и уже в V в. н. э. острова превратились в полуостров. В этот период около 50% воды река несла в Черное море, а остальное в Азовское.
В XIX в. сток реки в Черное море человеком был практически прекращен, а рукав стал называться Старая Кубань, который в последствии зарос. В середине 70-х годов XX в. по пути заросшего черноморского русла был прорыт канал, по которому часть воды Кубани стала поступать через Кизилташский лиман в Черное море, для нужд рыборазводного хозяйства. В низовьях Старой Кубани отделяется гирло под названием Кубанка, протяженностью около 10 км, так же впадающее в Кизилташский лиман (от тюркского "красный камень", названного так, потому что на берегу лимана стояла турецкая крепость Кизилташ), одно время он назывался Кубанским, свидетельством того, что Кубань значительную часть своего стока когда-то несла в этот водоем.
Река Кубань относится к бассейну двух морей омывающих Краснодарский край: Азовского и Черного. Река Кубань дала имена следующим географическим названиям: станице Кубанской, поселку Кубанец, хутору Кубанская Степь, хуторам Кубанским (три), поселку Кубаньстрой, поселку Кубанский, хутору Кубань, поселку Кубань, городу Новокубанску, Новокубанскому району, городу Славянску-на-Кубани, хутору Северокубанскому, хуторам Прикубанским (четыре), поселкам Прикубанским (два), поселку Орлово-Кубанскому, селу Отрадо-Кубанскому, хутору Северокубанскому, поселкам Закубанскому, Малокубанскому, каналу Новокубанскому.
В низовьях Кубань образовала большую дельту с множеством рукавов. К наиболее известным можно отнести: Темрюкский рукав (собственно Кубань), протяжённостью около 115 км, р. Протока (120 км), Старая Кубань (30 км), Ангелинский ерик (120 км).