Расположена в центральной части Туапсинского района в 40 км к северо-западу от города Туапсе. Берёт начало на юго-западном склоне хребта Большого кавказа, в 5 км от села Подхребтовое. Впадает в море у поселка Новомихайловский. Длина реки 29 км, площадь водосбора 290 квадратных километров. Имеет более 30 притоков.
Приток Псебе берёт начало на западном склоне горы Фаше (813 м), его длина – 21 км. Впадает в реку Нечепсухо севернее посёлка Новомихайловский. Река Базанова берёт начало на южном склоне горы Длинный Пикет (502 м), её длина 8 км. Впадает в реку Нечепсухо севернее поселка Новомихайловский, в 5 км от центра посёлка.
На правом берегу притока Сухая расположено живописное урочище Нирон. Приток Кутай с притоком Горячая берут начало среди скал горы Горячая. Длина притока 4 км. Многие притоки берут начало с восточного склона горы Пляхо (высота 618 метров), с запада и востока горы Свистун (высота 568 метров).
В долине реки Нечепсухо расположены населённые пункты: Подхребтовое, Псебе, Новомихайловский. Среднегодовой расход воды 14 кубометров в секунду, При паводках река становится мутной, несёт обломочный материал: валуны, гальку, песок, ил. Уровень реки сильно повышается.
Долина реки в низовьях широкая, со спокойным рельефом. Река при впадении в море сужается и прорывается среди скал. На правом берегу Псебе расположены памятники старины: могильные сооружения, крепость Никопсия.
В 8 км от поселка Псебе, у горы Острая, расположены живописные скалы и обрывы.