Ейский лиман расположен в северно-западной части Краснодарского края. Имеет овальную форму, слегка нарушенную Глафировской косой. Протянулся с востока на запад. Длина 24 км, наибольшая ширина 12 км, глубина от 0,5 до 1,5 м. С запада лиман широким (до 3,5 км) гирлом соединяется с Таганрогским заливом. Лиман возник в результате отделения от Азовского моря (Ейской и Глафировской косами) устьевой части реки Еи, которая сильно обмелела и в данный момент сбрасывает в лиман лишь свои вешние воды. Дно лимана плоское, покрытое слоем ила. Южные и северные берега – обрывистые, западные и восточные – плоские, сложенные песком и илом.
Зимой Ейский лиман замерзает, очищается от льда в марте.