Расположено на высоте 2000 м над уровнем моря, в междуречье Белой и Пшехи. Плато Лагонаки – это ряд горных массивов и плосковерхих хребтов Западного Кавказа: Гуама, Азиш-Тау, Лагонакский, Нагой-Чук, Черногорье, Мессо, Абадзеш. Высшие точки плато – вершины Урифа (2167 м) и Абадзеш (2376 м). Слева – своеобразный хребет Каменное море – нагромождение огромных глыб карстового происхождения.
Лагонакский хребет расположен между долинами рек Цице и Сухая балка, начинается у горы Мезмай (1940 м). Границы Лагонакского нагорья проходят на востоке от устья реки Руфабго по реке Белой к подножиям хребтов Азиш-Тау и Каменное море; на западе – от перевала Черкесского вдоль западных подножий гор Фишт, Пшеха-Су, Мессо к седловине между горой Сахарная Голова и Черногорьем; на севере от реки Пшехи по линии северных подножий Черногорья, Лагонакского и Гуамского хребтов и по реке Руфабго к реке Белой; на юге – по линии перевалов Белореченского и Черкесского.
На плато Лагонаки около 130 карстовых шахт и пещер. Наиболее известные – Большая Азишская, Асланбека и Овечья, самая глубокая Парящая Птица, расположена на южном массиве горы Фишт, на высоте 2225 м, ее глубина 517 м. На юге плато поднимаются горы Фишт (2867 м), Пшеха-Су (2744 м), Оштен (2804 м).
На Лагонакском нагорье распространены карстовые и ледниково-карстовые озера. Их здесь 20. Самое крупное Псенодах.
Есть ледники. Самый крупный – Большой Фиштинский (0,7 кв. км), лежит на северном склоне горы Фишт. Общая площадь ледников плато Лагонаки – 1 кв. км.
Реки бассейна Белой начинаются с вершин Фишта. Встречаются водопады различной высоты. Вода в реках мягкая и обладает хорошими питьевыми качествами. Химический тип вод рек Нагорья – гидрокарбонатно-кальциевый.
На высотах 2000 м снег выпадает в середине октября, в долинах – в конце ноября. Устойчивый снежный покров в высокогорье бывает уже в начале ноября.
Альпийские луга занимают площадь более 35 кв. км. Они распространены на Фиште, Оштене, Пшеха-Су, Нагой-Чуке, Мезмае.
Субальпийский пояс раскинулся на высоте от 1500 до 2100 м и занимает площадь около 150 кв. км.
Растут ель, сосна, пихта, ближе к подножию – граб, ильм, бук и другие деревья. Дубовые леса занимают нижний пояс склонов и распространены на севере нагорья. Встречаются и реликтовые – тис, самшит.
Плато Лагонаки делится на Нижние и Верхние Мурзыкалы. Нижние – более ровные, хотя местами изрезаны балками, в них летом лежит снег. Верхние – представляют собой ряд пологих холмов, покрытых сочной альпийской травой.
Вся территория Лагонакского нагорья, за исключением особо охраняемых заповедных участков, может стать зоной развития так называемых "мягких" форм туризма (пешеходный, конный, велосипедный, маршруты выходного дня), а на отдельных участках – альпинизма и спелеологии, горнолыжного и иных зимних видов спорта. Плато Лагонаки является частью Кавказского государственного природного биосферного заповедника.