Истоки Афипса начинаются на северо-восточном склоне лесистой горы Афипс, высотою 738 м, сложенной известняками песчаниками, глинистыми сланцами, мергелями меловой системы. Направляя свой бег на север, Афипс пересекает куэстовую гряду и, выйдя на просторы предгорной флювиогляциальной равнины, вливает свои воды через Шапсугское водохранилище в реку Кубань у аула Афипсип, проделав путь в 96 км.
Река Афипс принимает в себя ряд небольших горных рек. Наиболее крупными ее притоками являются pека Шебш длиною 100 км и Убин длиною 63 км. Долина Афипса и его притоков Шебша и Убина имеет в верховьях вид узких ущелья. Вниз по течению они постепенно расширяются. Афипс в своем верхнем и среднем течении очень мелководен, однако ниже впадения в нее реки Шебша встречаются и глубокие места. Река довольно спокойно несет свои чистые воды по галечниковому руслу, но в период половодья становится бурной и многоводной. Недалеко от впадения ее в Кубань для целей зарегулирования последней и для орошения земель построено Шапсугское водохранилище.
Источниками питания реки Афипса являются атмосферные осадки и грунтовые воды. Водный режим реки – паводочный. Наибольшие подъемы воды наблюдаются весной, минимальный уровень – с июля по сентябрь включительно. Зимой река замерзает, и ледостав продолжается около месяца. В бассейне Афипса имеются минеральные источники. Наиболее известные из них – Запорожские источники в долине реки Убин. Здесь насчитывается 14 выходов соляных и соляно-щелочных вод типа "Ессентуки".