Расположена на западе Туапсинского района. Берёт начало на южном склоне Большого Кавказского хребта, в двух километрах к юго-западу от Джубского перевала. Впадает в Чёрное море у курортного поселка Джубга.
Длина реки 21 км. Площадь водосбора — 144 квадратных километра. Среднегодовой расход воды составляет 9,2 кубометров в секунду.
Река Джубга имеет несколько притоков: Щель Стинова берёт начало у горы Свистунова. Щель Каменистая протекает среди высоких скал и обрывов на протяжении 4 км. Скалы расположены в трёх километрах от поселка Полковничье.
В 2,5 км от села Горское река Джубга протекает среди скал, именуемых "Волчьи ворота".
Форма рельефа реки представляет собой расширенные долины со сниженными водоразделами. Режим реки — паводковый, причём паводки могут быть в любое время. Высота водораздела изменяется от 30 до 250 метров.
Долина реки начинается со слияния балок Полковничья и Манькина. Днище плоское, ровное. Ширина в устье 670 — 750 метров, в верховье — 250 — 300 метров. Склоны реки слабо залеснены, имеют большую крутизну. Много обрывов, всевозможных скал. В нижнем течении река имеет широкую пойменную часть, скорость течения значительно снижается. Ширина реки в пойме до 60 метров. Здесь, среди живописных берегов, расположена лодочная станция.
На берегах реки Джубга расположены населённые пункты: поселок Джубга, село Горское, хутор Полковничий, верхняя Дефановка.