Порт расположен в юго-восточной части Таганрогского залива Азовского моря у основания Ейской косы. Это важнейшее градообразующее предприятие города.
Морской вокзал Анапы находится практически в центре города. Датой его открытия принято считать 20 мая 1926 года, если верить протоколу производственного совещания, который хранится в Анапском музее. Хотя указом императора Николая I гораздо раньше этого события, еще в 1846 году, курорту был придан статус портового города.